更让人难解的是，封土台九层夯土似乎暗合了“九层妖塔”之说，这在世界上是绝无仅有的。在秦末乱世，秦始皇兵马俑军团原型的秦京师军下落不明。这个问题不仅涉及到兵马俑军团性质，也涉及到整个帝国秦军的动向，甚至牵涉到秦帝国的灭亡、楚霸王的失败和汉帝国的胜利等诸多问题。据野史记载，曾经击垮了秦帝国的楚霸王项羽，最后却死于“兵马俑”之手。最后在乌江边斩杀项羽的5位骑兵将士，都是关中地区出身的秦人，也都是旧秦军将士，都是秦兵马俑的原型。
在早些年探测中，居然意外发现了始皇地宫上面的封土堆中居然严重的汞异常。地宫真的如传说那样是水银江河么?科学的勘测结果表明，地宫中不仅有水银，而且水银的藏量非常庞大。有人推测，地宫中的水银可能多达几吨甚至上百吨。更让专家称奇的是，将地宫内水银分布探测图和秦始皇统一中国后的秦朝疆域图对照，发现这两张图竟然有着惊人的相似。
20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦始皇的遗体也会完好地保存下来。问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味，为了防止腥味扩散，走漏“风声”，赵高、胡亥立即派人从河中捞了一筐筐鲍鱼，将鲍鱼与“尸体”放在一起以乱其臭。
秦始皇由死到下葬间隔近两个月。一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力，据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
