何琳带着别动队围堵叶宇飞和武工队，叶宇飞等人边战边退，最终脱险，回到城中。老李与叶宇飞见面，两人对于叶雅颖的牺牲痛不欲生，其后，老李为叶宇飞出了一个主意。
次日，叶宇飞在酒馆滋事，与赵掌柜、二愣被分别羁押。马成峰分别审视，但赵掌柜和二愣只是装疯卖傻，而叶宇飞则一直醉醺醺地痛哭流涕，马成峰失望离去。
老李收到了重庆遭爆破的噩耗，对成都十分担忧，要叶宇飞针对此事展开调查。
马成峰和韩茂青劝蒋介石撤离，胡宗南向蒋介石申请成立成都防卫总司令部及疏散命令，蒋介石予以批示。成都陷入一片白色恐慌之中。而马成峰也向何琳布置了特殊爆破计划，并将大批特务交予她全权指挥。随后，马成峰针对武工队，在城内散布了蒋介石即将巡查的消息。老李与叶家父子商议，认定这是圈套，并考虑对策。
很快，胡宗南派部包围了保安厅，双方一触即发。叶宇飞和许东等人在城内寻找蒋介石车队的踪迹，但他们也很快被特务别动队盯上，双方在小巷中展开刀战，各有死伤，叶宇飞开枪引起巡逻队注意，双方撤离。
这时，蒋介石真正所在的车队，从黄埔楼出发，秘密逃跑。叶泽宏意识到，这一切的满城风雨，都是蒋介石为他逃跑而设的障眼法。老李认为，如今首要任务，是揪出潜伏下来的那只别动队。
与此同时，何琳带领着两名别动队成员化妆进了城。
智斗古城第33集剧情介绍何琳与别动队员伏击叶宇飞，叶宇飞中枪倒地，好在并不是致命伤，何琳正欲上前确认尸体，被听到枪声赶来的巡逻队逼走。
叶泽宏和老李整理出当前形势，主要目标集中在杜长城、姜翼龙和胡宗南身上。叶泽宏去见杜长城，但杜长城十分顽固，丝毫没有动摇之心。与此同时，叶府对外宣称，叶宇飞已经去世了。而消息很快传到了特务耳中。叶泽宏转而做周迅予的工作，而叶宇飞则向武工队布置，老四带人搜寻别动队，，许东则监视杜长城。周迅予几经挣扎，最终没有将爆破计划报告蒋介石，并给杜长城回报了假讯息。
许东监视杜长城，却发现何琳和马斌秘密到访。何琳要求杜长城立刻完成爆破准备，许东从屋顶狙击，何琳侥幸逃脱，但还是将马斌击毙。 杜长城受惊， 决定撤到郊外，并将责任推给周迅予。
叶宇飞回府向叶泽宏和老李回报，老李认为，一切都指向了诈尸的何琳和她的别动队。
12月23日，解放军兵临城下，各部军队纷纷起义，胡宗南落荒而逃，西川人民保卫军成立，叶泽宏任总司令，老李任政委。
何琳绝望至极，准备做垂死的疯狂反扑，携带大批炸药入城，并对叶泽宏进行刺杀，幸好叶宇飞提前发现，扑倒了叶泽宏。随后，叶宇飞与许东在城内一路追捕何琳，何琳仓皇逃至郊外据点，又策划了新的暗杀行动。但武工队早有防备，并抓获了一名执行暗杀行动的别动队员。
智斗古城第34集剧情介绍(大结局)叶宇飞从别动队员的口中套出了何琳的窝藏据点，便立刻与许东带领武工队前去追捕。双方在郊外开战，何琳身边的别动队员被悉数击毙，何琳退回据点躲藏。武工队正要包围据点，何琳却挟持着一个看似叶雅颖的人出现，逼叶宇飞自尽。许东一枪打伤何琳，“叶雅颖”奔许东而去，许东这才发现“叶雅颖”是假的，许东被打伤。叶宇飞老四追进据点，发现何琳已经点燃大批炸药，好在叶宇飞和老四及时逃脱，而据点则被彻底炸毁。
回到城里，叶宇飞得知何琳仍然没死，并很有可能潜伏进了城中。
何琳在城中东躲西藏，最后狼狈躲进了怡红院。在怡红院安顿之后，何琳乔装上街，探到了解放军即将进城的消息。
翠玉探望许东，向他和叶宇飞提起怡红院里又出现个新的姑娘，很不正常。叶宇飞联想到此人很有可能是何琳，便派老四带人去试探。老四潜入怡红院，发现果真是何琳，并立刻回报。
老李下令活捉何琳，叶宇飞带领武工队紧随而来，但却被何琳跑了，并且叶宇飞发现，何琳携带的是一支狙击枪，他意识到情况非常不妙。
第二天，何琳化妆成老太太，混入迎接解放军的队伍。叶宇飞和武工队员们在迎接队伍中仔细搜索。很快，解放军队伍开始进城了，全城人民沉浸在一片欢腾之中，锣鼓喧天，鞭炮齐鸣，何琳来到一处旧宅中，组装好狙击枪，瞄向了解放军队伍。叶宇飞追踪而来，与何琳一番搏斗，打掉了她手里的狙击枪，制伏了何琳，取得了潜伏名单，但何琳趁其不备，将一把尖刀刺进了叶宇飞的胸膛……
叶宇飞开枪击毙了何琳，在赶来的老四的搀扶下，走向窗边，看着那片欢腾景象，露出了笑容。
1949年12月27日，成都这座千年古城和平解放。(全剧终)
