在燕子精神和强大的意念下，李三挺过了难关，为自己争取营救的生理时间。东方玉和马小宛找到解药，救下李三，李三确定将计就计，命小七等人在城中大肆购买花圈冥纸，为燕子侠之死造势。
果真，燕子李三的死传到了日本商会，菊村命山木趁机将捣毁燕子门，将其连根拔起。渡边担心山木越权，派陈宇尾随。
陈宇嗅到了一丝不对劲，借口让山木打前阵，没想到却被燕子门里早已埋伏好大炮轰成了碎片，陈宇等人趁乱逃离。李三利用山木等人捣毁燕子门的时间差，救出了大牢里的方俊生，又从方俊生口中得知了菊村来济南城的目的，李三和东方玉一同想到了李云飞的宝藏，李三决定再探一次师父留下的宝藏。
果真如李三等人所料，菊村来中国的目的确实是李云飞的宝藏。菊村在警察署的井里发现了宝藏的秘密，得意忘形之时，死于重生的燕子侠李三手下。
李三将菊村的尸体放在了日本商会大牢外，混淆视听，菊村的死令渡边和陈宇大为震惊。唯一知道宝藏秘密的菊村已死，于是李三等人开始计划运输宝藏一事。
决战燕子门第43集剧情介绍(大结局)陈宇根据菊村尸体的推断，来到了警署，在井口发现了菊村的血迹，印证了他的推理。随后，陈宇和王峰来到了井下，发现了真正的宝藏。为了不遭到来自东京的压力，渡边打算让陈宇背这个黑锅。
陈宇本想利用宝藏的事情来牟利，却被渡边迫害。王峰不得不将宝藏的秘密告知渡边，却也难逃一死。为了能够顺利将宝物全部运出城，李三事先将宝物分给老百姓，然后自己做诱饵吸引了日军的注意力。为了抓住李三，渡边派出了菊村调来的狙击手小队，没想到狙击手并没有杀死李三，反倒被李三各个击败。
渡边利用李三和狙击手对抗的时间差，迅速调集好火力，一顿炮火，将李三击倒捕获。渡边抓到李三后，严刑拷打，决定将燕子李三吊在城门上示众。在城门前，渡边将李三的生死交给全城的百姓，只要他们同意李三死，百姓们就能活下来，反之，如果要李三活着，百姓们就不得不死。
令渡边意想不到的是百姓们宁可自己去死也要让心目中的燕子侠活着。这时，渡边心爱的养女美子居然在城墙上用中国话大喊打倒日本鬼子。一旁的日本士兵将美子打死，渡边受刺激分神，被李三趁机脱身并将其杀死。
方俊生的部队赶到，和东方玉带领下的燕子门一起奋力抗击日本鬼子。这场持续了三天三夜的战争之后，谁也没有见到过燕子侠，谁也不知道燕子侠身处何处，但是燕子门的弟子越来越多，他们惩恶扬善，抗击敌寇，活跃在整个山东地区。
