民国时期，在南方有一座名叫德城的大都会，那里人心不古、恶念飘忽、罪案频发，而德城罪案调查处DBI的探员们就专门负责调查那些最疑难、最棘手的重案。小探员展超在见习期被投诉多次，探长公孙泽在一次抓捕行动中救了展超，公孙泽接到局长电话后马上赶回。
德城惊现死亡预言家“蓝信人”，公孙泽安排三组人员出发巡视，AB两组没发现问题，美女秘书横尸街头验证死亡预告。美艳女法医胡雪莉来到死亡现场对尸体进行分析，公孙泽怀疑死者是预言人，胡雪莉判断那名女人从顶楼掉下，等公孙泽来到楼顶后看到死亡遗书，独立检察官包正在楼顶与公孙泽和展超见面，他是司法部直接派出。
包正到DBI上任，与探长公孙泽联合调查“蓝信人”一案，包正对死者的情况重新做出判断，他认为死者被人谋杀，包正从展超脚下踩到的注射器碎片上闻到氯信的味道。这两人一个洒脱不羁奇招迭出，一个刻板保守遵循教条，二人合作如瑜亮之争火星四溅，展超夹在中间左右为难。公孙泽一直追求的美艳女法医胡雪莉则对包正冷口冷面，二人之间原来存在一段不为人知的前史宿怨。
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包正下楼后对死者尸体重新仔细检查，胡雪莉看到后指责他离开，包正已在尸体上发现重要线索，他将观察到的情况全部讲出，公孙泽听完后带展超去了凯旋饭店，到那里询问后查出死者是赵小曼。追查过程中，“江南船王”的女婿陈士美被列入视线范围，包正跟着公孙泽和展超进入宾馆房间后被一名男人袭击，那名男人见他们来到后跳窗逃走，包在的追赶过程中制服死者赵小曼的丈夫。
那名神秘的白衣女人成了最大嫌疑犯，包正对公孙泽的推断提出质问，还对恐吓信进行分析，他建议在第二次出现杀人案前提早做出安排。公孙泽找局长说起包正，局长让他好好配合包正的工作，分寸自己掌握。包正来到DBI办公，他命人将一些家具都搬入办公室。包正来到胡雪莉的化验室，他对她的美貌大加夸奖，还将她的个人情况悉数说出，那都是包正仔细观察的结果。
包正的分析十分正确，他向胡雪莉问起赵小曼的血样报告，她只提供报告给公孙泽，包正已经知道结果，他趁机偷看了胡雪莉的化验报告。公孙泽让老马通知众人开会，在会上他提出包正的到来影响到工作和生活，胡雪莉也表示支持，公孙泽让各个部门不要给包正提供方便，会上包正突然出现提出建议。
包正认为公孙泽家里有一个强势父亲或者哥哥要，公孙泽否认他的推断，还提醒他要遵守DBI的规定。展超将“蓝信人”的死亡信件交到公孙泽手上，公孙泽看完后带人来到造船厂，他们想进去调查时被保安拦住，正为搜查令烦恼时包正及时拿出来，包正提出条件，公孙泽答应下来。陈士美看到DBI成员后指责他们无理取闹，还要打电话投诉他们，包正故意向陈士美说明案情，他仔细在观察着陈士美的一举一动。
新神探联盟第2集剧情介绍包正和公孙泽被赶了出来，时间已经到了6点还没有动静。包正突然想刚一定是刚刚那个电话的问题。包正和公孙泽立刻往陈世美的办公室跑，一声爆炸，公孙泽和包正都被炸了。陈世美被炸死。
DBI到陈世美办公室查看了爆炸现场。在现场有个保险箱，包正说有一定有人知道这密码。公孙泽想到陈世美的老丈人刘方。
刘方68岁现在是德城富豪榜排行前三名，女儿刘维娜上个月刚刚嫁给陈世美。包正纳闷刘方怎么会舍得把女儿嫁给刘维娜。刘维娜也不是个省油灯，醉酒，打架都干过不少。
展超来告诉公孙泽下午有个女衣女士曾到过造船厂。包正让展超以后有消息也要告诉自己。
公孙泽在DBI向刘方查问陈世美的情况。刘方根本不知道陈世美和赵小曼的事。公孙泽提到了保险柜，刘方说里面只放了些商务合同。
胡雪莉查到了弹片上的指纹，但刘家要领回陈世美的尸体还要等。
包正给公孙泽分析蓝信人不是女人而是一个男人。包正不这么认为推断很可能是陈世美的另一个情妇。包正认为这两个案件和情杀案无关。两人无法说服彼此，决定各自去查。
公孙泽约了胡雪莉在酒吧喝酒，原来胡雪莉早就认识包正，两人间还有点小小的宿怨，包正曾让胡雪莉出过丑。
包正找到了罪犯引爆炸弹的铜线，从铜线上包正分析出引爆的人不仅是个老手而且还是个军人。
公孙泽拿着铜线找到了卖铜线的五金店，刚要问点什么突然五金店发生爆炸。
局长让公孙泽解决包正的住宿问题，公孙泽没办法先把包正带到家里住一宿。包正来了挑三捡四的气的公孙泽很无语。
公孙泽刚想睡觉便听到一声喊叫，原来要去洗澡的包正看到浴室里有个女人。公孙泽的妹妹VIvian回来了公孙泽不知道。VIVIAN是记者希望公孙能透露点消息，但公孙泽没答应，Vivian走了。
展超在垃圾厂查找证物时发现了可疑的人，但对方很凶悍展超没能跟上。
VIvian在酒吧正愁没有素材时遇到了没抓着人的展超。没禁得vivian的忽悠，展超把案子告诉了她。
第二天上班展超把有人开着垃圾车向自己开枪的事告诉了公孙泽和包正。垃圾公司的当天根本没有向造船厂派车。
包正为了方便办案希望公孙泽能排泄物他安排辆车。看到车时包正傻了。公孙泽给包正安排了辆元老级别的车。
VIvian跑到警局告诉展如昨天分析了一夜认为罪犯都有重返现场的习惯。vivian陪着展超到造船厂，要离开时vivian看到了那个白衣女人。人没有追上，女人因为跑时崴脚掉了一只鞋。
就凭一只鞋包正就分析出白衣女人的一些特征，年龄，及工作。
